Ledelsen på Lindøværftet betegner sidste års underskud på ca. 1 mia. kr. før skat som dybt utilfredsstillende. Underskuddet skyldes, ifølge Fyens Stiftstidende, de lave priser, der var på nybygninger, da værftet skrev kontrakt på nye skibe i Emma-serien i 2003 samt de rekordhøje stålpriser, som værftet ikke har sikret sig imod. Også i 2007 vil resultatet blive præget af produktionen af de store skibe, og der ventes derfor atter et betragteligt underskud på mindst 600 mio. kr. på driften, men på grund af en positiv skatteindtægt fra salg af medarbejderboliger i Munkebo og Odense ventes resultatet at gå i nul.