Fredericia Skibsværft kunne i 2009 ikke helt leve op til rekordresultatet fra 2008. I alt omsatte værftet for 475 mio. kr., og det svarer til en nedgang på 65 mio. kr.
Også på bundlinjen var der tilbagegang. I 2009 hentede man et overskud på 14 mio. kr., hvilket er et pænt stykke fra rekorden fra 2008 på 62 mio. kr.
En del af tilbagegangen skal dog tilskrives store afskrivninger på 22 mio. kr. på værftets dokfaciliteter i Fredericia. Afskrivningerne skyldes, at Fredericia Skibsværft i 2011 flytter produktionen til Lindøværftet.